Eesti, Läti ja Leedu kõrgeimad auditiasutused viisid läbi ühisauditi, milles jõuti järeldusele, et Rail Balticu projekti juhtimise rollid, ülesanded ja protseduurid olid enamasti paika pandud, kuid siiski esineb projekti juhtimises ebaefektiivsust, mis võib viia selleni, et projekti elluviimisel ületatakse kokkulepitud eelarvet ja ajakava.
Rail Balticu projekt on suurim taristuprojekt iseseisvate Balti riikide ajaloos. Hinnanguliselt läheb 870-kilomeetrine raudteeliin Tallinnast Leedu-Poola riigipiirini maksma 5,79 miljardit eurot. Euroopa Liit kaasfinantseerib projekti Euroopa Ühendamise Rahastu toetusfondist umbes 85 protsendi ulatuses. Euroopa Liiduga sõlmitud rahastuslepete kohaselt on Rail Balticu projekti kasusaajad projektis osalevate riikide ministeeriumid, kes vastutavad projekti elluviimise eest, ja ühisettevõte RB Rail AS.
Siiani pole projekti elluviijatel õnnestunud hoida Euroopa Ühendamise Rahastu rahastuslepetes kokkulepitud tegevusi ajakavas ega esialgu prognoositud eelarve piires. Rail Balticu projekti tegevused on rahastamislepingutes kokkulepitud ajakavast poolteist aastat maas. RB Rail AS hindas 2019. aasta juunis, et projekt ei pruugi valmida enne 2030. aasta märtsi, kui riskid realiseeruvad ja projekti elluviimiseks vajalik raha ei ole õigel ajal kättesaadav. Sellegipoolest ei ole 2017. aasta tasuvusanalüüsis muudetud prognoositud eelarvet ega raudtee valmimise ametlikku tähtaega, milleks on 2026. aasta. Prognoosi kohaselt ületatakse esimese allkirjastatud rahastusleppe eelarvet 59,3 miljoni euro võrra, samas kui teise rahastusleppe tegevuste kulud jäävad 0,231 miljoni euro võrra alla eelarvesumma.
Õigusanalüüs näitas, et projekti elluviimise struktuur Balti riikide seadustega vastuollu ei lähe ning juhtimisstruktuur seaduste seisukohalt huvide konflikti endas ei kätke. Analüüsi tulemusena leiti aga, et puudub tõhus mehhanism, kuidas lahendada olukordi, kui kasusaajad ei suuda ühises lahenduses kokku leppida. Balti riikidel on projekti juhtimise kohta olnud erinevad visioonid, näiteks ei ole leitud ühist arusaama, milline on parim lahendus RB Rail ASi rahastamiseks või taristu hilisemaks haldamiseks, ning säärane kokkulepete saavutamise keerukus on põhjustanud ajakadu.
Kõrgeimad auditiasutused leidsid, et ehkki kõik kolm Balti riiki on arvestanud Rail Balticu projektiga riigieelarve planeerimisel, ei ole ükski riik teinud pikaajalisi ehk projekti lõpuni rahastamise prognoose. Samuti ei ole riigid ametlikult heaks kiitnud stsenaariume, kuidas tagada projekti omafinantseering juhul, kui projekti elluviimise kulud on prognoositust suuremad ja/või Euroopa Liidu kaasrahastus on prognoositust väiksem.
Audit näitas, et RB Rail AS on välja töötanud hangete läbiviimiseks ja lepingute sõlmimiseks korrad ning neid on projekti edenedes täiendatud. RB Rail AS on loonud ka kvaliteedikontrollisüsteemi ja arendab välja riskijuhtimissüsteemi.
Kõrgeimad auditiasutused tegid soovitusi RB Rail ASile ja selle aktsionäridele ning Rail Balticu projekti kasusaajatele – kolme riigi transpordi eest vastutavatele ministeeriumitele. Peamine soovitus on leppida kõigil projekti elluviimise tasemetel kokku selged Rail Balticu projekti otsustusmehhanismid ning selged muudatuste ja riskijuhtimise kavad, et ohjata projekti ajakava ja eelarve ületamise riski. Samuti soovitati prognoosida riikide võimekust projekti pikaajaliselt rahastada, sealhulgas juhul, kui projekti maksumus suureneb või kui Euroopa Liidu kaasrahastus on planeeritust väiksem. Auditeeritud olid auditi käigus tehtud soovitustega üldjuhul nõus. Sellegipoolest näitasid auditi kohta saadetud vastused, et ministeeriumid ei ole eriti altid ametlikult planeerima projekti rahastamist kuni selle lõpuni.
Eesti, Läti ja Leedu riigikontrolörid sõlmisid 6. septembril 2018 Rail Balticu projekti ühisauditi läbiviimise lepingu. Ühisauditi eesmärk oli hinnata Rail Balticu projekti sisekontrollisüsteemide ja riigihangete juhtimist.
Ühisauditi käigus hinnati, kas Rail Balticu projekti hanke- ja lepingumudelid olid projekti tõhusaks ja säästlikuks teostamiseks piisavalt tõhusad. Ühisauditi käigus keskenduti ka riigi raha kasutamisele. Auditeeritud olid RB Rail AS, projekti eest vastutavad ministeeriumid ning teised projektiga seotud asutused Eestis, Lätis ja Leedus.
Eesti, Läti ja Leedu kõrgeimad auditiasutused viisid läbi ka riiklikud auditid Rail Balticu projekti elluviimise kohta, Eesti ja Läti kõrgeimad auditiasutused viisid oma auditi läbi samal ajal projekti rahvusvahelise auditiga. Leedus avaldati auditi aruanne 2018. aastal, Eestis 5. detsembril 2019. aastal, Lätis avaldatakse audit 2020. aastal.
